¶ 🧪 10X Аммонийный буфер (A-буфер)
¶ Калькулятор состава
Tween 20, NP-40 (Nonidet P-40) или Triton X-100 взаимозаменяемы в большинстве протоколов ПЦР в том же % соотношении, так как являются неионными детергентами. Их основная роль предотвращение агрегации фермента и его прилипания к стенкам пластика, а также подавление образования вторичных структур ДНК. Можно кобминировать, но без увеличения общего % неионных детергентов.
- Tween 20: Более мягкий. Он лучше подходит для рутинной ПЦР и стабильности фермента при хранении.
- NP-40: Чуть более эффективен при работе со сложными матрицами (GC-богатыми), так как лучше помогает «разваливать» вторичные структуры ДНК.
- Важно: Вместо NP-40 сейчас используют Triton X-100, так как оригинальный NP-40 снят с производства в начале 00х (его заменяет аналог Tergitol Type NP-40). Triton X-100 действует практически идентично NP-40.
В составе отсутствует (добавляется отдельно в зависимости от оптимизации ПЦР).
¶ Аммонийный буфер (на основе (NH₄)₂SO₄)
Назначение:
Используется для повышения специфичности ПЦР, особенно в случаях работы со сложными матрицами (GC-богатые регионы, сложные геномные структуры) или при наличии неспецифического отжига праймеров.
Ключевое отличие от KCl буфера:
Основное различие заключается в действии иона аммония () на стабильность водородных связей:
- Эффект дестабилизации: Ионы способны дестабилизировать слабые водородные связи между некомплементарными основаниями. Это создает более широкий «температурный коридор» для специфичного отжига праймеров.
- Толерантность к температуре: В KCl-буфере точность отжига критически зависит от температуры (), тогда как аммонийный буфер делает реакцию менее чувствительной к небольшим отклонениям температуры отжига.
- Сила ионной связи: в основном экранирует отрицательный заряд фосфатного остова ДНК, снижая электростатическое отталкивание цепей. работает более селективно, позволяя праймерам легче находить правильную мишень в условиях конкуренции с неспецифическими участками.
Когда выбирать аммонийный буфер:
- Если при использовании стандартного KCl-буфера наблюдается много «мусорных» полос (шпилек, неспецифики).
- Если разница в (температурах плавления) пары праймеров значительна.
¶ Стерилизация
- Стерилизовать методом фильтрации через мембранный фильтр с размером пор 0.22 мкм.
- Использование автоклавирования не рекомендуется из-за наличия детергента в составе.
¶ Срок годности
- -20°C: до 2 лет.
- +4°C: 1 месяц.
- +25°C (комнатная температура): не рекомендуется более 1 недели.
¶ Как цитировать
Sleptcov A. Genomicon Lab Recipes: Interactive Protocols and Safety Data for Laboratory Reagent Preparation (v1.1). Zenodo. 2026. DOI: 10.5281/zenodo.19759566. (Accessed: ).
